Aufgewachsen im Rheinland, wird Ernst Schneppenhorst nach seiner Wanderschaft als Tischlergeselle 1898 in Nürnberg sesshaft. Aktiv in der SPD und im Deutschen Holzarbeiterverband, wechselt er 1906 den Beruf und wird in Nürnberg Geschäftsführer seiner Gewerkschaft. Sechs Jahre später zieht er in die Abgeordnetenkammer des Bayerischen Landtages ein.

Während der Revolution 1918/19 wählen ihn die Arbeiter- und Soldatenräte zum Leiter des III. Bayerischen Armeekorps. 1919 beruft ihn der Bayerische Ministerpräsident zum Minister für militärische Angelegenheiten. Dieses Amt hat er bis zum Übergang des Bayerisches Heeres an das Deutsche Reich inne. Bis 1920 ist er auch Abgeordneter des Bayerischen Landtages.

Zunächst konzentriert sich Schneppenhorst als Neuinhaber eines optischen Instituts über viele Jahre hinweg auf den Aufbau seiner Selbständigkeit. Mit den zunehmenden Wahlerfolgen der NSDAP kehrt er 1931 in die Politik zurück. Zuvor bereits Mitglied im Reichsbanner, übernimmt er mehrere Parteiämter und wird 1932 in Nürnberg auch Vorsitzender der Eisernen Front. Im selben Jahr erlangt er ein Mandat im Reichstag.

Nach der Machtübernahme der NSDAP gehört er zum Widerstandsnetz des Gewerkschafters Wilhelm Leuschner. Für ihn stellt Schneppenhorst ab 1943 mehrere Kontakte her. Nach dem gescheiterten Attentat vom 20. Juli 1944 werden diese Verbindungen aufgedeckt. Die Gestapo verhaftet Schneppenhorst und inhaftiert ihn im Konzentrationslager Sachsenhausen und später im Berliner Gefängnis Lehrter Straße. Dort holt ein SS-Kommando Ernst Schneppenhorst Ende April 1945 aus der Zelle und erschießt ihn zusammen mit zwei weiteren Gefangenen.