Wie sein älterer Bruder August ist auch Paul Junke in der Arbeiterbewegung aktiv. Den Zielen der Sozialdemokratie verpflichtet, ergreift er zu Beginn der Weimarer Republik die Chance auf politische Teilhabe. Hauptberuflich nun Parteisekretär, wird er 1920 Stadtverordneter in Braunschweig und im Folgejahr in den Braunschweigischen Landtag gewählt, bis er 1924 ein Mandat im Reichstag erhält.

Für den Erhalt der Errungenschaften der Weimarer Republik ist er, wie sein Bruder August Junke, im Reichsbanner engagiert. Während sein Bruder im Reichsbanner als Kameradschaftsführer in der Stadt Braunschweig an der Basis engagiert ist, wird Paul Junke als aktiver Politiker in den Vorstand des Gaus Braunschweig gewählt. Der Freistaat Braunschweig gilt als Hochburg der NSDAP. Es ist das erste Land im Deutschen Reich, in dem die Partei ab 1930 dauerhaft an der Regierung beteiligt ist. Bei der Reichstagswahl im Juli 1932 verfehlt Junke ein Mandat im Reichstag.

Im Zuge der Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933 flüchtet Paul Junke zunächst nach Luxemburg und später nach Frankreich, um sich einer drohenden Verhaftung durch die Gestapo zu entziehen. Vom französischen Vichy-Regime ab 1940 in mehrere Lager interniert, erkrankt er schwer. Schließlich gelingt ihm 1942 die Flucht aus dem Lager. Sechs Monate später gelangt er in die Schweiz. Dort stirbt Paul Junke nach rund 20 Monaten an den Folgen der Lagerhaft.