Emil Fuchs wird nach dem Studium der evangelischen Theologie 1905 Pfarrer. Er ist früh von Ideen eines religiösen Sozialismus beeinflusst und tritt 1921 als einer der ersten Geistlichen in die SPD ein.

1918 übernimmt er eine Pfarrstelle in Eisenach und baut eine der ersten Volkshochschulen Thüringens auf. Außerdem ist er dort Mitbegründer des Bundes Religiöser Sozialisten. 1931 wird Emil Fuchs an die Pädagogische Akademie in Kiel auf eine Professur berufen.

1932 tritt er in Kiel dem Reichsbanner bei und trägt sich in ein öffentlich ausliegendes „Eisernes Buch“ der Eisernen Front ein. Er will damit ein Zeichen gegen das Erstarken des Nationalsozialismus setzen. Bei seinen Reden im Rahmen der SPD-Wahlkämpfe trägt er von nun an das Emblem des Abwehrbündnisses Eiserne Front, die drei Pfeile. Nicht selten stellt das Reichsbanner bei seinen Auftritten den Saalschutz, da Angriffe von Seiten der SA befürchtet werden. Drei Wochen nach der Machtübernahme Hitlers spricht Emil Fuchs am 1. März 1933 in Kiel bei einem Begräbnis eines ermordeten Reichsbanner-Kameraden.

Im Herbst des Jahres 1933 wird Fuchs aus politischen Gründen entlassen. Er muss zudem fünf Wochen in Untersuchungshaft verbringen. Die Zeitschrift „Der Quäker” bietet Fuchs die Möglichkeit, weiterhin theologische Artikel zu verfassen, die wichtige Orientierungen bieten. Zudem engagiert er sich in der Auswanderungshilfe der Quäker.

Fuchs erhält 1948 einen Ruf auf eine Professur nach Leipzig und siedelt 1949 in die DDR über. Trotz seiner Bindung an den Staat setzt er sich wiederholt für politisch inhaftierte Kirchenmitglieder ein.